لم يبلغ منسوب مياه بحيرة القرعون، هذا العام، النصف أي نحو 135 مليون متر مكعب بينما تبلغ سعتها الأصلية 220 مليون متر مكعب من المياه. يتذمر السكان والعاملون في جوار البحيرة من الروائح الكريهة المنبعثة والتي تشل الحركة السياحية. يشير الباحث في "الهيئة اللبنانية للطاقة الذرية" التابعة ل"المجلس الوطني للبحوث العلمية" الدكتور كمال سليم الى ان نسبة السموم في البحيرة تتعدى 400 ضعف الحد المسموح به. وقام الفريق العلمي من الباحثين كمال سليم، علي فاضل، وعلي عطوي من المجلس باجراء دراسات علمية في شأن بحيرة القرعون منذ سنوات عدة.
ظهرت الطحالب الزرقاء من نوع "aphanizomenon ovalisporum"للمرة الأولى، منذ شهر شباط الماضي. تقضي هذه الطحالب على الكائنات الحية وتفرز مادة سامة تعرف ب "cylindrospermopsine" تضر بصحة الإنسان والحيوان. لا كائنات حية اليوم في البحيرة سوى أسماك "الشبوط الشائع- carpe" التي تحتوي على مواد سامة تضر بصحة الإنسان. في العام 1994 ، كان هناك مئة نوع من الطحالب، وهو مؤشر لنوعية مياه وتنوع بيولوجي جيد، وسجل العامان 2000 و 2001 وجود نحو 64 نوع من طحالب "الدياتوم- diatoms ". وسجلت الأعوام الماضية وجود نحو 16 نوع من الحيوانات المجهرية )العوالق الحيوانية- zooplankton ( غير أنه مع بداية العام 2008 بدأ ظهور الطحالب الزرقاء في البحيرة والقضاء على التنوع البيولوجي فيها.
في حزيران العام 2008 ، وبسبب ارتفاع درجة الحرارة، اختفت الطحالب الزرقاء من نوع "Aphanizomenon ovalisporum" وظهر نوع جديد من سيانوبكتيريا او البكتيريا الزرقاء يعرف ب "microcystis aeruginosa" التي تفرز مادة سامة .microcystine يقول سليم ان نوع "microcystis aeruginosa" لم يظهر حتى الآن، على سطح البحيرة وما زال في القاع. مع ارتفاع درجة الحرارة، يتصاعد هذا النوع من البكتيريا الزرقاء من القاع الى السطح ليتغذى من أشعة الشمس، ولا توقعات لهذا العام بالنسبة لهذه البكتيريا التي تشكل قنبلة موقوتة.